組織架構說明：

1. 一、處長室
2. 二、副處長室
3. 三、主任秘書室
4. 四、政風室、主計室、人事室、秘書室
5. 五、第一組：財務科、企劃管考科、作業資訊科
6. 六、第二組：規劃設計科、建管地政科、工務科
7. 七、第三組：投資科、外貿科、工商科
8. 八、第四組：勞動行政科（督導從業員工服務中心）、勞動檢查科（督導消防隊）、環保景觀科（督導清潔隊、環保站）

管理處職掌：

1. 一、關於各分處之監督及指揮事項。
2. 二、關於申請投資在區內營業之事業之審核事項。
3. 三、關於各項設施之籌建事項。
4. 四、關於財務之計畫、調度及稽核事項。
5. 五、關於業務之企劃及研究發展事項。
6. 六、關於吸引投資及對外宣傳之籌劃事項。
7. 七、關於保稅倉庫之設立及經營事項。
8. 八、關於儲運單位之設立、管理及經營事項。
9. 九、關於加工出口業務之行政管理事項。
10. 十、關於公有財產之管理及收益事項。
11. 十一、關於土地使用管制及建築管理事項。
12. 十二、關於工商登記、管理及建築之核准發證事項。
13. 十三、關於工廠設置及勞工安全衛生檢查事項。
14. 十四、關於工商團體業務及勞工行政事項。
15. 十五、關於產地證明書、再出口證明核發事項。
16. 十六、關於貨品輸出入簽證事項。
17. 十七、關於外匯、貿易管理事項。
18. 十八、關於防止走私措施及巡邏檢查事項。
19. 十九、關於公共福利事項。
20. 二十、其他依法律賦予之事項。