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創設加工出口區的構想始於民國四十年代末，形成於五十年代。當時政府財政困難，外匯短缺、人口遽增、失業率偏高，亟待發展外銷產業；而斯時正值歐、美、日等工業化國家製造業開始外移。因此，政府掌握時機，陸續公布施行「外國投資人條例」、「華僑回國投資條例」及「獎勵投資條例」，以期吸引僑外資金，並促進我國工業之發展。

　　在當時國內外經濟情勢下，故副總統陳誠、嚴家淦及李故資政國鼎等人經過近十年的研究籌備，並克服若干制度上的瓶頸，終於在民國55年12月3日成立台灣第1個加工出口區－高雄加工出口區，肩負起「拓展對外貿易、吸引工業投資、引進最新技術與增加就業機會」4大目標。

　　高雄加工區之建立，不僅是我國第一個加工出口區，也是世界上首創這一型的加工出口區，為一兼具自由貿易區與工業區兩者之長的綜合園區。成立後獲得國內外業者熱烈迴響，申請投資者絡繹不絕，僅2年餘即超越原訂計劃目標，區內已呈現飽和狀態（80家投資廠商）。民國57年繼續籌建楠梓加工出口區及台中加工出口區，民國60年兩區分別建成，吸引更多國內外業者入區投資經營。

　　加工出口區締造「台灣經濟奇蹟」著有貢獻。隨著勞工、土地成本上升，加工出口區管理處為執行行政院「發展台灣成為亞太營運中心計畫」，積極推動加工區之轉型，遂於民國86年12月設置港口型倉儲轉運專區，開發位於台中縣梧棲鎮，緊臨台中港占地約177公頃的中港加工出口區，建構以市場及速度導向之倉儲轉運專區。

　　為加速加工出口區之轉型，民國88年2月5日奉經濟部核定將原由工業局委託中華工程公司興建完成之高雄臨海工業廣場交由加工出口區管理處接管，並於同年8月22日更名為臨廣加工出口區；為平衡台灣南北產業結構，結合中央與地方資源，共創區域繁榮，於89年12月於屏東縣頭前溪六塊厝農場占地124.1公頃土地設置屏東加工出口區；民國89年12月高雄軟體科技園區動土，規劃提供南部地區最完善與先進之軟體研發環境。

　　為配合愛台12建設之都市工業區更新政策，同時因應廠商擴廠土地需求，民國98年6月加工出口區管理處將原行政院退除役官兵輔導委員會榮民塑膠廠之國有土地開發為「楠梓加工出口區第二園區」，該園區定位為半導體高階封測及綠色能源等高科技之製造及研發基地，對高雄地區之產業及經濟發展將有強化之貢獻。

　　迎接資訊時代的來臨，為滿足資訊業者需求，並帶動中部地區軟體產業發展，加工出口區管理處還於民國100年12月將臺中市大里區原菸酒公賣局菸酒試驗場規劃設置「臺中軟體園區」，以串聯台北南港及高雄軟體園區之資訊軟體能量，打造台灣軟體產業黃金創意三角，以提高整體產業附加價值。　　

加工出口區建成以來，對國家經濟發展作出卓越的貢獻 ，更成為舉世公認最成功、最先進的加工出口區。面對「 知識經濟時代」，為因應外在環境變化，提振園區競爭力，加工出口區管理處已從「創新加值服務」、「提供優勢生產環境」、「強化生活機能」、「推動節能減碳」及「營造低碳產業環境」等面向，積極推動各項施政革新措施，期能貼近廠商期待，落實「創新經濟、樂活台灣」，繼續為國家經濟發展貢獻心力。